皇国の最北端、小さいながらも神地であり帝の縁者である末竜人の治めるその地で、近衛兵長の青年【アマノ】は、まだ若干7歳の幼い領主末竜人【イミツニ】に仕えていた。

ある日、青い龍が領内付近に現れる。
青い龍は帝の持ち物とされ皇国民の信仰の対象の一つとなっている神獣であり、皇国の神地に沿って移動すると言われている。それ故に何人たりとも青い龍を傷つけることは許されていなかった。

ところが、近年イミツニの治めるこの地では、隣国白来と赤掛の移民増加とそれに伴う内政干渉が悪化しており、事情を知らない白来出身の兵士によって青い龍は傷つけられていしまう。青い龍は命は助かったものの、傷ついた身体のまま飛び立っていってしまった。青い龍の異変はすぐに他の末竜人や都の帝にまで知れることとなる。イミツニは申し開きのため都の帝のもとへ上京し、アマノもまた護衛として共に付き従った。

帝の邸内、青い龍が帰る場所とされる霧沼には、「龍竹」という青い竹が群生している。本来なら帝しか入れない神聖な場所である。霧沼へ通されたイミツニとアマノは、そこで帝と謁見し、青い龍と龍竹の真実を知る。

青い龍とは、帝の崩御後の姿だった。数十年掛けて皇国を神地に沿って旅し、国の記憶を繋ぎ大地の力を繋いで皇国の安定を保つ。その旅が終わると都の帝の邸内にある霧沼へ戻り青い竹の姿となり命を終えるのだ。青い龍が帰還を果たすと現帝は崩御し、崩御後は先代同様青い龍となり旅に出る…これを幾千年と繰り返し皇国は維持されていた。

青い龍の秘密を明かされた二人は、傷つき順路を外れてしまった龍の追跡と保護の命を仰せつかる。

一方、イミツニ不在の北の地では、白来たちが反乱を起こしていた。

追われる身となったイミツニとアマノは、追手から逃げながらも青い龍を探す旅を続ける。

長い旅の末、各地で様々な人と出会い別れ、二人は先帝である青い龍のもとへと辿り着く。傷を負いながらも神地を目指す龍を助ける二人だが、反乱を起こした白来たちと手を組んだ赤掛の軍勢に囲まれ龍は殺されてしまう。孤立無援の中、アマノはイミツニを逃がすために赤掛の軍に立ち向かっていく。

青い龍の繋ぐ輪が途切れ、皇国の大地の力が失われたことにより皇国は国土の半分が海に沈む大災害を招く事態に陥り以後長く苦しい時代に突入する。