1990年頃、提庁周辺を調査していたジャーナリストの【朱鷺田　陽／トキタ　ヨウ】は、大戦末期に置ノ輪（オキノワ）沖に沈んだ戦艦雷天についての公式報告に疑問を持ち、雷天の元乗組員であり数少ない生き残りである【志摩　京介／シマ　キョウスケ】へ取材を試みる。

子供の頃から船が大好きで将来は海へ出たいと夢見ていた京介と、男勝りな【鳴嶋　廉／ナルシマ　レン】、二人より二つ歳上の兄貴分的存在【鴻月　亜佐／コウヅキ　アサ】の三人はいつも一緒だった。成長した三人はそれぞれ軍属となり、京介は機関科の機械員に、廉は飛行科の整備士に、亜佐は予科練を経て空母不獄艦載の艦戦震星の航空隊員となった。
 

悪化する戦況の中、京介は二人の戦死を次々と聞くことになる。東和重工によって秘密裏に製造され、皇国起死回生の一艦となるといわれていた戦艦「神旭」へ乗艦が決定していた京介自身も、失意の中玉砕戦になるであろう出撃を控えて自身の死を覚悟した。ところが、敗戦が決定的となった1945年、神旭の初陣は戦闘ではなく神旭と新型兵器「針磨乙型」の隠蔽工作のための作戦に変更され、戦艦雷天に偽装した神旭を置ノ輪沖に沈めるため、神旭は最初で最後の出撃をする。

当初の目的であった取材もそこそこに、老人の思い出話で時間のほとんどを費やしてしまったものの、神旭という戦艦が存在したこと（正確には弐号艦暁の設計図の一部から弐号があるということは壱号も存在するはずだと予想し、志摩の話を繋ぎ合わせて壱号艦が神旭という戦艦ではないかと推測）と、針磨乙型なる新型兵器（核ではないかと予想）を乗せていたらしいことを掴んだ朱鷺田はそれをメモに書き留めるのだが、後に「朱鷺田文書」と呼ばれるそのメモが未曾有の事態を引き起こすことになることはまだ誰も知らないのだった。